Steuer-Urteil des EuGH entlastet deutsche Forschung

Ein Urteil des Europäischen Gerichtshofs könnte Forschungskooperationen in Deutschland von der Mehrwertsteuer befreien. Wissenschaft und Industrie fordern eine schnelle Umsetzung.

Berlin, 29. Januar 2026 – Ein wegweisendes Urteil des Europäischen Gerichtshofs (EuGH) könnte Deutschlands Forschungslandschaft von einem milliardenschweren Bürokratie-Hindernis befreien. Führende Wissenschaftsorganisationen und Industrieverbände fordern das Bundesfinanzministerium (BMF) auf, Kooperationen zwischen Hochschulen, außeruniversitären Einrichtungen und Unternehmen umgehend von der 19-Prozent-Mehrwertsteuer auszunehmen. Der Vorstoß folgt einem EuGH-Urteil vom 22. Januar, das die Spielräume für steuerfreie „Kostenteilungsgemeinschaften“ deutlich erweitert.

EuGH ebnet Weg für steuerfreie Kooperation

Jahrelang behinderte eine restriktive deutsche Praxis die Forschungszusammenarbeit. Finanzämter behandelten den Austausch von Personal oder die gemeinsame Nutzung von Infrastruktur in Allianzen oft als steuerpflichtige Dienstleistung. Die Folge: eine effektive Kostenbelastung von 19 Prozent. Vor allem für öffentliche Forschungseinrichtungen wurde die Mehrwertsteuer zum Verlustgeschäft, da sie diese als nicht abziehbare Vorsteuer tragen müssen.

Passend zum Thema Mehrwertsteuer – viele Forschungseinrichtungen und Partner zahlen unnötig hohe Abgaben, weil die Verwaltungspraxis Kostenanteile als steuerpflichtige Leistungen wertet. Ein kostenloser Umsatzsteuer-Guide erklärt praxisnah, welche Kooperationen nach EU-Recht steuerfrei sein können, wie Sie typische Vorsteuerfallen umgehen und welche Nachweisschritte gegenüber dem Finanzamt erforderlich sind. Ideal für Hochschulen, Forschungsinstitute und Unternehmens‑Finance-Teams; inklusive Muster-Checkliste für Projektabrechnungen. Jetzt kostenlosen Umsatzsteuer-Guide sichern

Das EuGH-Urteil (Az. C-379/24 und C-380/24) setzt hier einen klaren Kontrapunkt. Die Luxemburger Richter stellten klar, dass die Steuerbefreiung nach EU-Recht weiter gefasst werden muss. Entscheidend: Auch indirekte, aber essentielle Leistungen wie IT-Support oder Gebäudemanagement innerhalb eines Konsortiums können steuerfrei sein, wenn sie der eigentlichen, ebenfalls steuerbefreiten Forschung dienen.

Wissenschaft fordert sofortige Rechtssicherheit

Die Allianz der Wissenschaftsorganisationen und Industrieverbände haben ihren Dialog mit der Bundesregierung diese Woche intensiviert. Ihr zentrales Anliegen ist die umgehende Anpassung der nationalen Verwaltungsvorschriften an die liberale EuGH-Auslegung.

Besonders im Fokus stehen Gemeinsame Berufungen. Bei diesem Modell ist eine Professorin oder ein Professor gleichzeitig an einer Universität und einem Forschungsinstitut tätig. Jüngste Erlasse der Finanzverwaltung behandelten die Weiterberechnung der Personalkosten in diesen Fällen als steuerpflichtig – eine Bedrohung für etablierte Forschungskluster wie die Max-Planck-Schools oder Helmholtz-Zentren.

Steuerexperten großer Beratungshäuser sehen eine „historische Chance“. Würde das BMF die Rechtsprechung auf den Forschungssektor anwenden, könnten rückwirkend und zukünftig Milliardenbeträge an Gemeinkosten von der Mehrwertsteuer befreit werden. Diese Mittel stünden dann direkt für Forschung und Innovation zur Verfügung.

Das Problem der „Phantom-Umsätze“

Der steuertechnische Kern des Konflikts liegt in der Definition von Zusammenarbeit. Bisher werteten Finanzämter es oft als steuerpflichtigen „Leistungsaustausch“, wenn eine Universität einem Partnerinstitut ihren Reinraum oder ihr Elektronenmikroskop für ein Gemeinschaftsprojekt zur Verfügung stellte und die Betriebskosten anteilig weiterberechnete.

Die Initiative argumentiert: Hier handelt es sich nicht um kommerzielle Transaktionen, sondern um wesentliche Bestandteile einer nicht-wirtschaftlichen wissenschaftlichen Zusammenarbeit. Der konkrete Vorstoß umfasst drei Forderungen:
* Die breite Anwendung der Vorschrift für Kostenteilungsgemeinschaften (§ 4 Nr. 29 UStG) auf Forschungsverbünde.
* Eine klare Steuerbefreiung für die gemeinsame Nutzung von Großgeräten und Laboren.
* Ein Verfahren zur rückwirkenden Bereinigung offener Steuerstreitigkeiten ohne Strafzuschlag.

Für industrielle Partner, die die Vorsteuer meist abziehen können, geht es vor allem um Bürokratieabbau. Für die akademischen Partner hingegen ist die nicht abziehbare Steuer ein direkter Budgetverlust – Geld, das ansonsten in Personal oder Geräte fließen würde.

Politisches Momentum für den Forschungsstandort

Der Ball liegt nun beim Bundesfinanzministerium. Das Jahressteuergesetz 2024, das Ende 2025 verabschiedet wurde, modernisierte zwar Teile des Mehrwertsteuerrechts, blieb zum konkreten Thema Forschungskooperation aber trotz vorheriger Lobbyarbeit stumm.

Der politische Druck wächst. Mit dem langsam am Horizont auftauchenden Bundestagswahlkampf 2026/2027 ist die Stärkung des Standorts Deutschland ein zentrales Thema. Der Bundesverband der Deutschen Industrie (BDI) hat in Positionspapieren wiederholt betont, dass die Beseitigung steuerlicher Hürden in der Forschung ein hochwirksamer und vergleichsweise kostengünstiger Hebel für die Politik sei.

Steuerexperten rechnen in den kommenden Monaten mit einem Konsultationsentwurf des BMF. Bis dahin sendet der gemeinsame Vorstoß ein klares Signal: Die Wissenschaft erwartet, dass der Rechtserfolg aus Luxemburg ohne Verzögerung in Berlin administrative Wirklichkeit wird.

PS: Wenn Sie jetzt schnell prüfen möchten, welche Ihrer Forschungsumsätze durch das EuGH-Urteil möglicherweise steuerfrei werden, bietet dieser kompakte Leitfaden praktische Hilfen: Fallbeispiele, Checklisten zur Anwendung von § 4 Nr. 29 UStG und Formulierungsvorschläge für rückwirkende Berichtigungen. Besonders nützlich für Finanzverantwortliche in Universitäten und Forschungseinrichtungen, die Vorsteuerverluste minimieren wollen. Leitfaden zur Umsatzsteuer bei Forschungskooperationen herunterladen